Молекулната спектроскопия е утвърден метод за идентификация и процентен количествен анализ. Вибрационните трептения в молекулите са сигурен източник на информация за вида на изследвания материал. Thermo Scientific има решения за апаратура в целия инфрачервен, ултравиолетов и видим, както и Раманов спектър. Инфрачервени спектрометри с Фурие трансформация (FTIR), спектрометри за работа в близката инфрачервена област (FT-NIR), Раман, спектрофотометри за видимата и ултравиолетовата област (UV-VIS), а в допълнение и спектрометри за Ядрено-магнитен резонанс. Thermo Scientific предлага пълна гама от аналитични решения за идентичност, контрол на качеството и научни разработки. В комбинация с интуитивен софтуер за управление, системите са предпочитани за работа във всяка една сфера от производството до аналитичната лаборатория.
iS серията на инфрачервени спектрометри с Фурие трансформация дава прецезен анализ за всяка контролна или научно-изследователска лаборатория. Добавянето на модул или приставка води до получаване на най-високо технологично решение за вибрационен анализ.
iN серията са микроскопи за инфрачервена спектроскопия. Самостоятелен модул спектрометър и микроскоп в едно или микроскоп за свързване с инфрачервен спектрометър. Микроскопията за инфрачервена спектроскопия навлиза взе повече в практическия анализ, предвид съвременните предизвикателства, свързани с контрола на храни, води и опазване на околната среда.
Antaris FT-NIR са анализатори, работещи в близката инфрачервена област. С тяхна помощ се извърва бърз идентификационен анализ на всеки етап от производството или контрола на продуктите.
DXR3 Raman са серия Раман спектрометър и Раман микроскоп за прецизни анализи на твърди частици и течности. Делът на Раман анализите се увеличава, като приложенията им навлизат навсякъде във все повече области на химическия анализ.
UV-VIS спектрометрия за потвърждение на идентичност е стандартен метод за анализ, който е приложим във всяка лаборатория. Работи, както за течности, така и за твърди вещества. Възможността за определяне дължината на вълната, при която веществата поглъщат енергия и степента на абсорбцията дават възможност методът да се изпозлва и при анализ на непознати компоненти. Thermo Scientific има три основни серии спектрофотометри - Spectronic, Genesys и Evolution.