Софтуерите за визуализация, 3D анализи и обработка на данни са основни при работа с електронен микроскоп.
Различни видове софтуери се използват в зависимост от вида и модела на микроскопа, вида на пробата и условията, при които се работи - температура и налягане.
Софтуерите за електронна микроскопия могат да се използват с всеки вид електронен микроскоп и в комбинация с всеки един от другите микроскопски софтуери.