Имунопептидомика, базирана на масспектрометрия

Имунопептидомиката обхваща идентифицирането и количественото измерване на имунопептидите, представени на клетъчната повърхност. Малките пептиди, известни още като епитопи, се представят от основните хистосъвместими (MHC) протеини, където се разпознават от T клетки за иницииране на имунен отговор.
Методите за имунопептидомика, базирани на масспектрометрия (MS), имат уникалната способност да докажат, че даден епитоп е представен на повърхността на клетката. Въпреки това измерването на имунопептидома представя уникални предизвикателства поради ниското количество на пробата, ограниченото въвеждане на проба и сложността и разнообразието на епитопите.

5-стъпков работен процес за имунопептидомика
Този 5-стъпков процес предоставя информация за основните стъпки за провеждане на експеримент за имунопептидомика.

Стълбовете на успешна платформа за имунопептидомика
Платформата за имунопептидомика на Thermo Scientific отговаря на основните стълбове на успешната технология за имунопептидомика, подкрепяйки откриването, характеризирането и валидирането на имунопептиди.
Нашата платформа за имунопептидомика осигурява чувствителност, динамичен обхват на анализа, точност на анотацията и възпроизводимост на откриването, при характеризирането на антигенни пептиди, представени на имунната система от MHC.

Чувствителност и динамичен обхват на откриване
Масспектрометрите на базата на Orbitrap на Thermo Scientific могат да поддържат едновременно откриване на много високи и много ниски нива на аналити.
Orbitrap-базираните масспектрометри, включително Thermo Scientific Orbitrap Astral MS, предлагат изключителна чувствителност и динамичен обхват за откриване на имунопептиди с висока и ниска концентрация в проби, което е от съществено значение за пълното характеризиране на тумор-свързани и туморно-специфични неоантигени.

Точност на анотацията
За да се анотира точно аминокиселинната последователност на неоантигени, които могат да бъдат съставени от нови мутации или да произхождат от неконвенционални региони на генома, може да се изисква de novo интерпретация на последователността. Точната de novo секвенция изисква спектрален масов анализ с точна маса, висока резолюция и пълна серия от фрагментни йони, както и допълнителна информация като имониеви йони.

Възпроизводимост на работния процес
Валидирането на тумор-специфични или други неоантигени ще изисква последователна производителност и надеждна работа в групи от биологични проби или технически реплики. Високата възпроизводимост, предлагана от Thermo Scientific HRAM Orbitrap MS и системите за течна хроматография, позволява точни сравнения между пробите.
Системите Thermo Scientific Vanquish Neo UHPLC предлагат високовъзпроизводими хроматографски разделяния и поддържат широк спектър от операции от нанопоток до висок микропоток.

Работни процеси за имунопептидомика на Thermo Scientific
Процесът използва подготовка на проби, високо възпроизводими хроматографски разделяния и масспектрометри Orbitrap с висока резолюция и точна маса, които осигуряват високо спектрално качество както за MS, така и за MS/MS сканове, необходими за уверената анотация или de novo секвенция на неоантигени.

Едновременно количествено определяне и откриване (SQUAD) за валидиране на неоантигени и едновременен безпристрастен мониторинг на имунопептиди
Thermo Scientific Orbitrap Tribrid масспектрометрите предлагат ексклузивен работен процес, който позволява целенасочен скрининг с високочувствително паралелно реакционно мониториране (PRM) и едновременен безпристрастен анализ на данни в една методология. Този уникален подход позволява валидиране на определени неоантигени, като същевременно позволява едновременни изследвания на неопределени антигени по време на анализа с едно инжектиране на ценни проби.

Целево количествено определяне с троен квадруполен масспектрометър
Thermo Scientific TSQ Altis Plus Triple Quadrupole масспектрометър предлага автоматична оптимизация на времето на задържане за лесно изпълнение на метода, разширен линеен динамичен обхват на откриване за предотвратяване на наситените калибрационни криви и възможности за NWI-SRM за подобряване на селективността и чувствителността.

За повече информация ТУК